Həkəriçay başlanğıcını Mıxtökən silsiləsinin cənub yamacından 2580 m yüksəklikdən götürür. Həkəriçayın mənsəbi Bazarçaydır. Çayın uzunluğu 113 km-dir. Laçın rayonu ərazisində formalaşaraq Qubadlı rayonu ərazisində Qaralar kəndi yaxınlığında Bərgüşadçayla birləşdikdən sonra Zəngilan rayonu ərazisində Araz çayına tökülür. Çay üzərində hidroloji müşahidələr 1926-ci ildən 1988-ci ilə qədər aparılmışdı. Dövlət investisiya layihəsi hesabına avtomat stansiya 2022-ci ildə quraşdırılmışdır.